El Metro de Quito reaccionó la tarde del jueves 4 de diciembre de 2025 al examen de la Contraloría. El informe DNA6-EP-0003-2025 estableció indicios de responsabilidad penal y glosas por supuestas irregularidades. El control abarcó del 1 de febrero de 2020 al 31 de diciembre de 2024. Se revisaron el convenio de ejecución de la Primera Línea fase 2 y contratos de gerencia, fiscalización, material rodante, equipos y puesta a punto. La auditoría determinó diferencias entre cantidades planilladas y ejecutadas en 15 estaciones. Por ese rubro el Municipio habría pagado USD 100.961,16 por trabajos no ejecutados. Otro hallazgo apuntó a seguros y mantenimiento del material rodante sin procedimientos de compra pública. La omisión derivó en pagos por USD 2.633.637,25 en costos indirectos del convenio. Además se señaló que el inversor de tracción no alcanzó el 98% de rendimiento ofertado. Pese a ello, la fiscalización validó el cumplimiento y se pagaron USD 2.503.602,00. Un cuarto punto indicó que no se indemnizó el siniestro de la unidad de tracción 16 tras un descarrilamiento en pruebas ATO. Los daños ascendieron a USD 441.809,00 y el consorcio responsable no asumió el valor. El examen también observó bienes y herramientas sin ingreso al sistema SAP SIPARI. Con todo, la Contraloría sugirió glosas por USD 5.761.274,41 y responsabilidades administrativas por USD 81.265,00. Además se emitió un informe con indicios penales que será remitido a la Fiscalía. La empresa Metro de Quito rechazó de forma categórica los resultados del examen. Argumentó que el periodo auditado incluyó tres administraciones, ocho gerencias, Acciona CL1, Metro Alianza y el gerenciador GMQ. Sostuvo que el equipo auditor mostró desconocimiento de convenios internacionales, del contrato FIDIC y de normativa ferroviaria europea monitoreada por banca multilateral. Anunció que comunicará el caso a organismos de control y a instancias administrativas y judiciales, y que emprenderá acciones legales. Reiteró que la operación comercial seguirá y defendió que en más de dos años el sistema funcionó con seguridad y en apego a la ley.