El 'No' arrasó en la mayoría de cantones con alta población indígena en la consulta y referendo del 16 de noviembre de 2025. Las promesas de bonos, tractores y créditos quedaron atrás frente a la crisis rural, el fin del subsidio al diésel y la represión en territorios indígenas. El 23 de octubre, Daniel Noboa celebró el fin del paro y agradeció a Latacunga, a la que llamó símbolo de dignidad, valentía y fuerza. En la Sierra Centro hubo pocas y dispersas manifestaciones y las comunidades de Cotopaxi no fueron protagonistas como en otras ocasiones. El Mandatario dijo que fue por su gestión y por un supuesto aumento del empleo, pero las cifras oficiales lo desmintieron. Semanas después, ese optimismo se vino abajo y Cotopaxi le dio la espalda a sus propuestas.

El 'No' ganó en las cuatro preguntas en esa provincia. La propuesta de instalar una Constituyente fue su mayor tropiezo al lograr apoyo en apenas 21 cantones. En Imbabura, epicentro del paro con militarización y represión que dejó muertos, heridos y detenidos, todos los cantones castigaron al Ejecutivo en las urnas. El mapa fue similar en provincias con alta población indígena, con la excepción de Tungurahua, que quedó como bastión oficialista. Según el Censo 2022, existían 22 cantones donde la mayoría se autoidentificaba como indígena. En 18 de esos cantones, los votantes dijeron que no a bases militares extranjeras, al recorte del financiamiento a organizaciones políticas, a la reducción de asambleístas y a una nueva Constitución. En otros dos cantones solo venció por poco la tercera pregunta, y las excepciones generales fueron Aguarico en Orellana y Santa Clara en Pastaza. Además hubo 23 cantones con población indígena superior al 30%. En 19 de esos, triunfó la negativa total al Ejecutivo, mientras en tres ganó únicamente la pregunta C. Pastaza sorprendió con el 'Sí' en las cuatro propuestas.

El top de rechazo al Gobierno lo encabezaron Francisco de Orellana, Sigchos, Suscal, Gonzalo Pizarro y Guamote. Durante casi un mes de paro, el Gobierno recorrió 10 provincias de la Sierra y entregó tractores, créditos productivos y becas. El beneficio más demandado fue el Bono Semilla de USD 1.000 para familias de agricultura familiar campesina, que evidenció largas filas y la dura realidad rural. Se estimó que había 1,6 millones de personas en esa categoría, y el ofrecimiento alcanzó para unos 100.000 agricultores. Las promesas de más ayudas y créditos para Imbabura, Carchi y el norte de Pichincha, hechas tras el paro y antes de la votación, resultaron en vano. El Gobierno perdió en esas tres provincias en todas sus propuestas, con apenas dos cantones donde ganó la pregunta C. El respaldo indígena que el Presidente presumió en entrevistas no se confirmó al acercarse el cierre de su segundo año de gestión.